1541년 제네바 시 당국이 칼뱅의 귀환을 요청합니다. 그래서 칼뱅은 9월에 돌아와 24년 동안 제네바에서 임종할 때까지 사역합니다. 그렇다고 칼뱅의 사역이 순탄한 것은 아닙니다. 이 시기에 칼뱅의 반대자들은 여러 규정에서 반발합니다. 대표적으로 프랑스에서 이민을 온 자들에게 시민권을 부여하는 것은 자신들의 권한을 축소되는 것으로 우려합니다. 특히 1551년 제롬 볼세크가 공개토론에서 칼뱅에 따르면 하나님은 폭군이 된다고 공개 비난하다 추방됩니다. 이때, 칼뱅은 예정론을 정리하게 됩니다. 1553년에는 반대파가 다시 득세한 가운데